Le troisième cahier, « Portraits communaux de la biodiversité », propose un zoom sur les principales caractéristiques de la biodiversité de chacune des 92 communes de la métropole. Chaque ville, chaque village dispose ainsi de fiches détaillées sur les espèces animales et végétales les mieux représentées sur son territoire. Ces portraits communaux offrent également une description des milieux naturels d’intérêt écologique ainsi que la carte d’identité de quelques espèces remarquables.